免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）是利用抗原抗体特异性反应纯化富集样品中目的蛋白的一种方法。通常使目标蛋白同抗体-protein A/G形成免疫复合物沉淀而得以收集，然后通过WB检测目的蛋白。 免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CO-IP）是将样品中同抗体靶蛋白相互作用的蛋白一同随免疫复合物沉淀，可以检测两种目标蛋白质是否在体内存在相互作用，也可以确定一种蛋白在体内的相互作用蛋白。

coIP实验需要保证足够的蛋白浓度才能维持原本存在的蛋白互作状态，尤其当蛋白丰度较低、相互作用力不强、使用不易提蛋白组织等情况时。而且coIP的实验条件往往需要反复摸索。因此用于coIP实验需准备细胞＞2x10⁷，动物组织＞500mg，植物组织＞2g，并且须更加注意采集后速冻-80℃保存和避免反复冻融。

a.所使用的抗体不仅需要优秀的亲和力、特异性，其识别表位还可能被互作蛋白所掩蔽（主要是使用单抗时）； 

b.当蛋白互作须发生在特定生理代谢条件、组织细胞类型之中时，coIP实验可能无法获得互作结果； 

c.如果诱饵蛋白和或捕获蛋白在样本中丰度很低时； d.两个互作蛋白的亲和力较弱； 

e.当该蛋白互作需要较特定的离子强度，或者需要如Ca离子/Mg离子/ATP等辅因子时，要创造合适的反应条件会变得困难； 

f.一些样品处理提取存在难度，提取足量目的蛋白与保持蛋白天然状态，需通过实验条件达到优化平衡； 

g.外源表达的标签蛋白存在同内源蛋白的位点竞争，这主要在使用标签抗体进行实验时可能存在。

在coIP-WB鉴定结果中，IgG组无目的蛋白条带、IP组有目的蛋白条带，说明IP过程成功；银染胶图中，IP组相对于IgG组有更多蛋白条带、且存在差异，说明coIP过程捕获到互作蛋白；IP产物在质谱检测中鉴定到的蛋白数量不能作为判断实验成败的标准，因为这取决于目的蛋白本身所具有的互作蛋白数量、结合力强弱等方面；IP产物的质谱鉴定数量越多并不代表结果越好。