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总RNA/mRNA m6A/ac4C定量检测

总RNA/mRNA m6A/ac4C定量检测(Dot Blot法)

在斑点杂交中,要检测到的生物分子不是首先通过电泳分离出来的,相反,将含有被检测分子的混合物直接点在膜上,烘烤固定。然后与m6A或Ac4C抗体(Western blot)杂交后检测,步骤如下:

(1)交联:在65℃下5分钟,使mRNA变性以破坏RNA中的二级结构。变性后立即在冰上冷却,以防止mRNA的二级结构重新形成。将2 μl的mRNA直接滴加到Immobilon-Ny+尼龙卷膜上,在紫外线交联剂中进行交联。轻轻振荡5分钟,洗涤未结合的mRNA。

(2)封闭:在室温下温和摇动,将膜在10 ml封闭缓冲液(5%脱脂奶粉)中孵育1小时。

(3)一抗孵育:将膜置于5ml抗体稀释缓冲液(1:250稀释; 2 μg/ml)中,于4℃温和摇动过夜孵育膜。

(4)清洗:于洗涤缓冲液中轻轻洗涤3此,每次5分钟。

(5)二抗孵育:将膜置于5ml Goat anti rabbit IgG-HRP(1:10,000稀释;  20 ng/ml)二抗稀释缓冲液中,在室温下温和摇动孵育膜1小时。

(6)清洗:于洗涤缓冲液中轻轻洗涤3此,每次10分钟。

(7)在室温下在黑暗中将3 ml Western Blotting底物孵育5分钟。于天能全自动化学发光图像分析系统记录斑点印迹结果。


总RNA/mRNA m6A/ac4C定量检测(比色法)

N6-甲基腺嘌呤(m6A)是真核生物RNA分子中最常见及丰度最高的修饰方式,m6A占所有RNA碱基修饰的比例超过80%,而且在不同的物种中存在。m6A主要分布在mRNA中,同时也存在于非编码RNA中。mRNA转录本中的m6A相对丰度已经被证实能够影响RNA代谢过程,如剪切、出核转运、翻译能力和稳定性、RNA转录等。异常的m6A甲基化水平受到m6A RNA甲基化酶和去甲基化酶的影响,从而导致RNA的异常功能及疾病的发生。因此,RNA中动态可逆的m6A化学修饰能够作为新的表观遗传学标志物,具有重要的生物学作用。认识RNA转录本中m6A甲基化水平和分布能够有利于疾病的诊断和治疗。


继m6A甲基化修饰之后,2018年11月15日,美国国立卫生研究院(NIH)的Shalini Oberdoerffer研究组在Cell杂志在线发表题为:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency的研究论文,该论文揭示N4-乙酰胞苷(ac4C)由乙酰转移酶NAT10催化的mRNA修饰,证明mRNA乙酰化在体外和体内增强底物翻译。本检测采用本公司自研的 m6A/Ac4C RNA甲基化定量检测试剂盒,通过比色的方法定量总RNA中m6A/Ac4C 的甲基化或乙酰化程度,适用于哺乳动物、植物、真菌、细菌和病毒等物种。


检测原理是在特定的结合缓冲液中,将待检测的total RNA/mRNA或者标准品结合到微孔板表面,然后依次加入特异性的m6A/Ac4C捕获抗体、检测抗体和显色试剂,最终显示的颜色深浅与样品中m6A/Ac4C的浓度呈正比,利用酶标仪在450nm波长下测定吸光度(OD值),通过标准曲线即可计算样品中m6A/Ac4C的绝对含量,同时通过total RNA总量校正可对不同样本中m6A/Ac4C含量进行比较。


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